CPIサーバにてWordPressのパーマリンクを設定する場合は
.htaccessに以下の記述があるか確認してください。

AddHandler x-httpd-php○○○ .php　　　←　○はバージョン
suPHP_ConfigPath /usr/home/mt000000/html/　  ←　mt00000はサーバ番号
Options +FollowSymLinks　　←　これが無いと表示できなくなります。